金融审计也是随着我国金融的逐步深化而不断发展的。改革开放后，以行政管理为主、高度集中统一的金融体制被打破，基本形成了新的商业银行体系，存贷款数量迅速增长，银行业务不断扩充，银行体系在国民经济中的地位迅速提高。改革初期，审计机关对金融机构的审计监督以维护财经纪律为主要目标，严肃查处了金融领域的违纪违规问题。在组织上，采取轮流审计办法，每年对一两家金融机构的财务收支进行全行业审计，后来又实行了经常性审计制度。在此基础上，金融审计的重点逐步转向信贷资金审计，金融审计监督开始向高层次方向发展，在宏观管理方面发挥作用。1993年后，新一轮的金融开始实施，与社会主义市场经济发展相适应的开放、稳健的金融体系逐步建立起来。在金融业快速发展的过程中，金融秩序混乱的现象较为突出，金融活动中违法违规问题大量出现。始于1997年7月的亚洲金融危机更是给敲响了警钟，进一步深化金融改革，严格整顿金融秩序，成为改革、发展、稳定的关键。审计机关积极配合中央确定的金融改革和金融整顿措施，着眼于防范和化解金融风险，以审计资产质量为主线，以查处重大违法犯罪案件为重点，大力加强对国有商业银行、信托投资公司、证券公司的资产、负债、损益的真实、合法、效益的审计，揭露、查处了金融领域的一批大案要案。金融审计在严肃财经法纪，整顿和规范金融秩序，促进金融，防范经营风险，保障金融资产保值增值方面发挥了重要作用，标志着我国的金融审计工作迈上了一个新的台阶。

加强对各类专项资金的审计监督，一直是审计机关的一个工作重点。合理、有效地使用国家在发展教育、科技、农业、水利、扶贫、社会保障、生态建设等事业方面投入的专项资金，发挥其应有的经济效益和社会效益，关系到国民经济和各项社会事业的繁荣与发展，关系到宏观调控政策的落实，关系到群众的切身利益和社会稳定。审计机关围绕国家重大改革措施、宏观调控目标和社会热点问题，坚持有重点地开展专项资金审计工作，重点揭露专项资金管理和使用中的截留、挤占挪用及损失浪费等违法违规问题，促进了专项资金按计划足额用于项目建设，提高了资金使用效益。特别是1998年以后，围绕实施积极财政政策、西部大开发、科教兴国和完善社会保障体系等，审计机关先后组织了对长期建设国债、扶贫资金、水利资金、退耕还林资金、社会保障资金和科教经费等多项专项资金的审计，对一些重点专项资金还进行了连续审计，有力地促进了经济改革和宏观调控措施的贯彻落实。

经济责任审计是伴随着我国经济和政治的进程提出、发展起来的。20世纪80年代中期，审计署对各地开展厂长离任经济责任审计的做法给予了充分肯定，并把厂长离任经济责任审计作为一项经常性审计制度在全国推行。进入90年代后，一些地方在厂长离任经济责任审计的基础上，尝试性地开展了党政领导干部任期经济责任审计。通过认真总结山东省菏泽地区开展党政领导干部任期经济责任审计工作的经验，为加强对领导干部的管理和监督，促进领导干部廉洁自律、正确履行职责，中央办公厅、国务院办公厅于1999年5月，颁发了《县级以下党政领导干部任期经济责任审计暂行规定》和《国有企业及国有控股企业领导人员任期经济责任审计暂行规定》，以行政法规的形式确立了经济责任审计制度。经济责任审计工作在全国范围内全面展开。一些地方开展了县级以上党政领导干部任期经济责任审计的试点工作，审计署还对五家商业银行总行和证券监督管理委员会的领导人员进行了任期经济责任审计。实践证明，经济责任审计制度的推行，拓宽了干部监督、考核的渠道，为进一步客观公正地评价和使用干部提供了重要依据，为维护、整顿财政经济秩序，揭露和防止国有资产流失，促进经济健康发展作出了贡献，在揭露和惩治经济违法犯罪活动、促进党风廉政建设等方面发挥了积极作用。作为从源头上预防和治理的一项重要举措，经济责任审计已经成为我国审计监督制度的有机组成部分，成为加强对领导干部权力的制约、监督的重要工具。

在审计工作中，审计机关十分注重查处大案要案，为党风廉政建设和深入开展反斗争服务。审计署在成立之初就提出，抓违反财经纪律的大案、要案的审计，对狠刹经济领域中的不正之风，促进党风和社会风气的根本好转，具有重要的政治意义，是开展审计工作的一个突破口。审计机关查处了大量违反财经纪律的案件，有的情节相当严重。特别是1998年以后，根据国务院领导“点面结合、突出大案”、“伤其十指不如断其一指”等指示精神，全国审计机关进一步突出审计工作重点，严格执法，不断加大审计力度，收到明显成效。审计机关通过审计，向司法机关移送了大量的经济犯罪案件，同时还积极配合纪检监察和司法机关完成了许多大案要案的审计查证工作。这些案件的查处和公开曝光，不仅为国家挽回大量经济损失，有力打击了分子，而且增强了审计监督的权威，振奋了党心民心，在社会上引起强烈反响。

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